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服務(wù)介紹

lncRNA與蛋白互作實(shí)驗(yàn)概述


lncRNA (Long non-coding RNA)即長(zhǎng)鏈非編碼RNA,通常長(zhǎng)度在200-100000 nt,具有5’帽子和3’polyA尾巴結(jié)構(gòu)。

近年來(lái),越來(lái)越多的研究聚焦lncRNAs。lncRNA與蛋白質(zhì)的結(jié)合是其重要的調(diào)控方式之一,通過(guò)與蛋白質(zhì)的結(jié)合,lncRNA參與多種細(xì)胞過(guò)程。例如:

1

調(diào)控該結(jié)合蛋白的活性

2

改變?cè)摻Y(jié)合蛋白的細(xì)胞定位

3

與其他RNA/蛋白競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合某蛋白,來(lái)調(diào)控其他RNA或蛋白的活性

4

結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子,調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄活性

5

招募染色體重構(gòu)和修飾復(fù)合體到特定位點(diǎn),改變DNA/RNA的修飾狀態(tài)、染色體結(jié)構(gòu)等




 

lncRNA與蛋白互作服務(wù)信息


lncRNA-蛋白互作研究按照實(shí)驗(yàn)內(nèi)容可分為兩大類(lèi),一是以感興趣的lncRNA為中心,尋找或驗(yàn)證與該lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì);二是以感興趣的蛋白質(zhì)為中心,尋找或驗(yàn)證與該蛋白質(zhì)結(jié)合的lncRNA。


lncRNA與蛋白互作技術(shù)服務(wù)
技術(shù)類(lèi)型技術(shù)目標(biāo)技術(shù)原理
價(jià)格
外源性RNA pull-down
體外條件下尋找或驗(yàn)證與目標(biāo)lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì)

體外轉(zhuǎn)錄帶有生物素標(biāo)記的lncRNA,并與樣本裂解液孵育,利用鏈霉親和素磁珠捕獲體外條件下結(jié)合的靶RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物,采用Western Blot或質(zhì)譜技術(shù)確定復(fù)合物中的蛋白質(zhì)

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內(nèi)源性RNA pull-down體內(nèi)條件下尋找或驗(yàn)證與目標(biāo)lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì)

將自主研發(fā)的特異性RNA標(biāo)簽與目標(biāo)lncRNA構(gòu)建融合表達(dá)載體,轉(zhuǎn)染細(xì)胞使其融合表達(dá),通過(guò)與特異性RNA標(biāo)簽結(jié)合的親和介質(zhì),將RNA標(biāo)簽-lncRNA與蛋白的復(fù)合體純化出來(lái),采用Western Blot或質(zhì)譜技術(shù)確定復(fù)合物中的蛋白質(zhì)

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RIP體內(nèi)條件下尋找或驗(yàn)證與目標(biāo)蛋白質(zhì)結(jié)合的lncRNA

用誘餌蛋白抗體捕獲體內(nèi)條件下的誘餌蛋白與RNA復(fù)合物,采用qPCR或高通量測(cè)序技術(shù)確定與誘餌蛋白結(jié)合的lncRNA

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18927549347





lncRNA與蛋白互作實(shí)驗(yàn)服務(wù)優(yōu)勢(shì)*輝駿生物


1

十年服務(wù)經(jīng)驗(yàn),客戶成果發(fā)表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。

2

對(duì)圍繞RNA結(jié)合蛋白開(kāi)展的整體課題提供全方位指導(dǎo),包括上下游實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和結(jié)合蛋白的多方法驗(yàn)證等

3

自有蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái),對(duì)RNA pull down產(chǎn)物這類(lèi)微量蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力,對(duì)后續(xù)的生物信息分析有獨(dú)到的見(jiàn)解

4

售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確保客戶安心進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)及投稿。






lncRNA與蛋白互作實(shí)驗(yàn)研究案例—客戶文章解析


RNA pull down研究案例.png

lncRNA LAMP5-AS1通過(guò)調(diào)控DOT1L甲基轉(zhuǎn)移酶活性促進(jìn)MLL白血病發(fā)展



研究背景


研究者們通過(guò)大量臨床樣本的檢測(cè)發(fā)現(xiàn),一個(gè)長(zhǎng)鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達(dá),因此進(jìn)一步探索了LAMP5-AS1在MLL白血病發(fā)生發(fā)展中的作用。




研究路線

細(xì)胞和小鼠實(shí)驗(yàn)確定高表達(dá)的LAMP5-AS1促進(jìn)MLL白血病進(jìn)展

RNA pull-down結(jié)合質(zhì)譜鑒定技術(shù)首次發(fā)現(xiàn)了LAMP5-AS1的潛在結(jié)合蛋白—DOT1L(一種H3K79甲基轉(zhuǎn)移酶)
RIP qPCR實(shí)驗(yàn)確定了LAMP5-AS1與DOT1L結(jié)合
截短型 RNA pull down實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步明確了與LAMP5-AS1結(jié)合的DOT1L結(jié)構(gòu)域
體外酶活實(shí)驗(yàn)表明LAMP5-AS1與DOT1L的結(jié)合促進(jìn)了DOT1L的甲基轉(zhuǎn)移酶活性
RNA干擾結(jié)合ChIP實(shí)驗(yàn)表明LAMP5-AS1影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平
臨床分析LAMP5-AS可作為MLL白血病不良預(yù)后的預(yù)測(cè)因子



研究結(jié)論


lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細(xì)胞的自我更新過(guò)程和分化阻滯中起著重要的作用。LAMP5-AS1對(duì)維持DOT1L酶在MLL白血病中的高活性具有重要意義,可能成為治療MLL白血病的一個(gè)有價(jià)值的靶點(diǎn)。



客戶文獻(xiàn)


Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology. 2020. (IF=17.38).






lncRNA與蛋白互作技術(shù)服務(wù)—客戶文章


1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters.Cell Research.2015, IF=13.9.

【研究?jī)?nèi)容】:作者通過(guò)RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技術(shù),證實(shí)了lincRNA-p21與HNRNPK結(jié)合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復(fù)合物。該復(fù)合物甲基化了多能性基因的啟動(dòng)子序列及相應(yīng)組蛋白,并改變了它們的表達(dá)量,從而進(jìn)一步影響體細(xì)胞重編程過(guò)程。

使用相關(guān)技術(shù):LncRNA與蛋白互作檢測(cè)、LncRNA與蛋白互作技術(shù)服務(wù)、LncRNA與蛋白互作實(shí)驗(yàn)


2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods,15(3): 213–220. 2018,IF=28.467.
【研究?jī)?nèi)容】:輝駿生物為作者單位之一,和客戶共同開(kāi)發(fā)了一種全新的RNA pull down,并用質(zhì)譜鑒定新生RNA結(jié)合蛋白的方法。該方法主要是用EU標(biāo)記新生RNA,再用點(diǎn)擊反應(yīng)-生物素-鏈霉親和素系統(tǒng)做RNA-pull down,然后質(zhì)譜鑒定分離的新生RNA互作蛋白。用該rna pulldown方法,首次鑒定到重要周期蛋白CCK1為RNA結(jié)合蛋白。RIP-qPCR、CLIP-Seq等實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí)了CCK1為RBP蛋白,并發(fā)揮著重要的細(xì)胞。
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3. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology.2020,IF=11.059.
【研究?jī)?nèi)容】:研究顯示高表達(dá)的LncRNA LAMP5-AS1能降低MLL白血病患者5年生存率。利用RNA pull down配合蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定技術(shù),作者首次發(fā)現(xiàn)LAMP5-AS1和DOT1L蛋白可能形成復(fù)合物。DOT1L是表觀遺傳中非常重要的甲基化酶。作者通過(guò)RIP-qPCR進(jìn)一步確定了MLL細(xì)胞存在該復(fù)合物,并通過(guò)截短型RNA pull down實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步確定了DOT1L的結(jié)合序列。后續(xù)的ChIP-qPCR等實(shí)驗(yàn)證實(shí)了該復(fù)合物能有效影響DOT1L對(duì)組蛋白H3K79的甲基化水平,從而影響細(xì)胞的增殖分化。
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4. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene. 2020,IF=7.971.
【研究?jī)?nèi)容】:lncRNA LINC01503在鼻咽癌中高表達(dá),并且促進(jìn)了腫瘤的不良預(yù)后。作者在此探討了LINC01503的作用機(jī)理,先用RNA pull down和質(zhì)譜鑒定,發(fā)現(xiàn)SEPQ蛋白可能和LINC01503結(jié)合。RIP-qPCR實(shí)驗(yàn)確證了鼻炎癌中LINC01503募集了SEPQ基因?;赟FPQ-FOSL1軸在癌癥研究中的重要地位,作者后續(xù)的工作思路之一也是關(guān)注該信號(hào)軸,并設(shè)計(jì)了CHIP-qPCR等實(shí)驗(yàn)做出證明。RNA pull down配合質(zhì)譜鑒定,為此文研究提供了關(guān)鍵性的研究源頭。
使用相關(guān)技術(shù)lncRNA與蛋白互作技術(shù)




輝駿實(shí)力

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